由甲方承担的税金如何缴纳?

施工费里的税应由施工单位缴纳，但要计入工程造价。建筑工程的税金以综合税率来计取(含营业税、城市建设维护税、教育税附加)其中营业税按项目总造价的3%来计取，城市建设维护税按项目的不同地点按不同税率来计算，计税基数为营业税：其中市区为营业税*7%，县城、建制镇为营业税*5%，乡村为营业税*1%。教育税附加的计税基数也是营业税，为营业税*3%。

税金是由谁交的税啊，甲方还是乙方?

是由施工单位自己上交的，但是你在报价里面是包括了这局部税金的，最后还是甲方套的钱，由施工单位自己上缴的。

代扣代缴税金后还要开发票给甲方吗?

代扣代缴税款是不会开发票的，比如保险机构代扣代缴车船使用税，自2016年5月1日起，保险机构作为车船税扣缴义务人在开具增值税发票时，应在增值税发票备注栏中注明代收车船税税款信息。

具体包括：保险单号、税款所属期(详细至月)、代收车船税、滞纳金、合计等。该增值税发票可作为缴纳车船税及滞纳金的会计核算原始凭证。